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醫藥中間體廢水具有高COD、高氨氮、高鹽、高色度的特點。所謂醫藥中間體，實際上是一些用于藥品合成工藝過程中的一些化工原料或化工產品。這種化工產品，不需要藥品的生產許可證，在普通的化工廠即可生產，只要達到一些的級別，即可用于藥品的合成。合成步驟長、中間體繁雜、分子結構穩定，使醫藥中間體廢水成分非常復雜，含有大量有毒、難降解的有機化合物，以及Cl-、SO42-等無機鹽。是目前化工污水處理行業的重難點之一。
常見的處理工藝：
化學氧化+生化法。由于醫藥中間體廢水COD高、生物毒性高，常規微生物難以耐受醫藥中間體廢水中有毒污染物，無法直接進行常規生化處理，可采用化學氧化的方式進行部分去除，降低其生物毒性后進行生化處理。化學氧化方法包括：臭氧氧化、次氯酸鈉氧化、臭氧—雙氧水聯用氧化、Fenton氧化等化學試劑氧化，以及濕式氧化、電解氧化、光氧化、高溫裂解等氧化方法。這種方法的缺點是工藝流程長，需要較大的投資成本和運行成本。
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