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污染特征發酵類生物制藥廢水的主要特征如下：
（1）排污節點多，污染程度不同，有利于清污分流。
（2）污染物濃度高，如廢母液、廢濾液等COD值一般都在1萬mg/L 以上，有的企業COD值甚至在10萬mg/L以上。
（3）高濃度廢水間歇排放，性質變化較大，所需調節池容積較大。
（4）廢水中含有有機物難以降解，甚至對微生物有抑制作用的物質。生產過程中頭加破乳劑、消泡劑、草酸鹽及殘余抗生素等達到一定濃度會對微生物的活動產生抑制作用。
（5）含氮量高。發酵生物制藥廢水中的氮主要以有機氮和氨氮的形式存在，普通的生物處理后氨氮往往不達標，有的時候氨氮甚至不降反增。發酵廢液的BOD5/N一般在1-4之間，這與生物處理的營養要求有較大差距，嚴重影響了微生物的生長與代謝。
（6）硫酸鹽濃度高。硫酸銨是發酵源之一，硫酸是提煉與精制過程中的PH調節劑，大量使用硫酸銨和硫酸容易造成廢水中硫酸鹽濃度過高，給厭氧和好氧處理帶來很大困難。
（7）發酵生物制藥廢水的色度一般較高。
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